In un futuro distante... Invasori da un altro mondo hanno attaccato senza preavviso, scatenando una nuovo tipo di minaccia: armi conosciute come biomacchine. Di fronte a questa minaccia insormontabile, l`umanità è costretta a lasciare la Terra e si rifugia sulla Luna.
Il Consiglio dell`Umanità organizza una resistenza composta da soldati androidi nel tentativo di riprendersi il proprio pianeta. Per sbloccare la situazione, la Resistenza schiera una nuova unità di androidi da fanteria: la squadra YoRHa.
Su questa terra arida ed abbandonata, la brutale guerra tra le macchine e gli androidi continua ad infuriare. Una guerra che presto porterà a galla la verità su questo mondo...